龚清秋课题组研究植物细胞磷酸肌醇3-磷酸（PI3P)调控的囊泡运输与信号通路，以及它们在植物发育与抗逆中的作用。我们系统地建立了植物自噬的快速诱导方法以及内源水平的自噬检测方法，正在探究自噬在液泡生成、植物发育与非生物逆境应答中的作用。同时，我们在国际上首先发现限制器官大小的Hippo通路的核心模块Hippo-Mats在植物中对应的SIK1-MOB1模块，正在构建完整的植物Hippo通路。在Molecular Plant、Plant Physiology、Plant Journal、Journal of Experimental Botany、BMC Biology、Chemical Communications等生物学主流期刊上发表通讯作者论文近20篇，论文总数40余篇，SCI总引用数超8700次。为Nature Plants、Molecular Plant、Plant Cell、Autophagy、Plant Physiology等期刊审稿。主持国家自然科学基金重大研究计划培育项目、面上项目、国家转基因生物新品种培育科技重大专项子课题、天津市自然科学基金重点项目等十余项。任中国国家基金委、以色列国家基金委通讯评审专家。2016-2019任中国细胞生物学学会植物器官发生分会委员。