| NO. | Faculty/School | Major | Doctoral-Research direction: | Year |
| 1 | 生物医学工程学院（含Med-X研究院） | 电子信息 | 生物医学工程 | 2022 |
| 2 | 生物医学工程学院（含Med-X研究院） | 生物医学工程 | 生物医疗仪器 | 2022 |
| 3 | 生物医学工程学院 | 生物医学工程 | 2021 | |
| 4 | 生物医学工程学院 | 电子信息 | 2021 | |
| 5 | 生物医学工程学院 | 生物医学工程 | (全日制)医学影像信息 | 2020 |
| 6 | 生物医学工程学院 | 生物医学工程 | (全日制)系统生物医学 | 2020 |
| 7 | 生物医学工程学院 | 生物医学工程 | (全日制)生物医疗仪器 | 2020 |
| 8 | 生物医学工程学院 | 生物医学工程 | (全日制)生物纳米材料 | 2020 |
| 9 | 生物医学工程学院 | 生物医学工程 | (全日制)神经工程 | 2020 |
| 10 | 转化医学交叉学科平台 | 生物医学工程 | (全日制)不分研究方向 | 2019 |
| 11 | 生物医学工程学院 | 生物医学工程 | (全日制)医学影像信息 | 2019 |
| 12 | 生物医学工程学院 | 生物医学工程 | (全日制)系统生物医学 | 2019 |
| 13 | 生物医学工程学院 | 生物医学工程 | (全日制)数字医学 | 2019 |
| 14 | 生物医学工程学院 | 生物医学工程 | (全日制)生物医疗仪器 | 2019 |
| 15 | 生物医学工程学院 | 生物医学工程 | (全日制)生物纳米材料 | 2019 |
| 16 | 生物医学工程学院 | 生物医学工程 | (全日制)神经工程 | 2019 |
| 17 | 上海交大-悉尼大学生医工研究合作中心 | 生物医学工程 | (全日制)不分研究方向 | 2018 |
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